Le kombucha non pasteurisé à l'avantage de conserver toutes les levures et bactéries actives. Mais il nécessite un stockage et une conservation au frais (entre 0 et 4°C) pour éviter une reprise de fermentation. De plus, il n'est pas conseillé d'en consommer pour les personnes souffrant de problèmes immunitaires ou lors d'une grossesse.

A l'inverse, le kombucha pasteurisé neutralise les micro-organismes, ce qui le rend consommable par la majorité des personnes et présente l'avantage de pouvoir être conservé plus facilement (à température ambiante).
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